Elokuvan päähenkilö on Joensuun kirjoista tuttu rikosylikonstaapeli Timo Harjunpää.
Tyttären kuolema koettelee Harjunpäätä sekä hänen perhettään. Harjunpään vaimon Elisan tullessa uskoon, Harjunpää pakenee tilannetta työhönsä, outojen metrosurmien tutkimuksiin. Tutkimusten edetessä synkät tapahtumat alkavat kuitenkin lähestyä Harjunpäätä itseään. Harjunpää on nähnyt poliisin työssään ihmiselämän lohduttomimmat puolet, mutta milloinkaan hän ei ole kohdannut pimeyden voimia näin musertavan voimakkaina. Harjunpää ja pahan pappi on elokuva, joka perustuu kirjailija ja ylikonstaapeli Matti Yrjänä Joensuun samannimiseen teokseen. Valtion kirjallisuuspalkinnon vuonna 1982 saanut Joensuu on yksi arvostetuimpia suomalaisia rikoskirjailijoita.